Tak jako vir obrny, byl i bakteriofág sestavován podle plánu. Stavebním plánem byl již dříve přečtený genetický kód bakteriofága. Nově vytvořený organismus je tedy jakousi syntetickou kopií již existujícího organismu. Místo používaného termínu „stvoření“, který zavedli novináři a který se začal v obdobných případech běžně používat, by zřejmě bylo vhodnější používat pojem sestavení organismu. Žádný z odborníků dnes nepochybuje o tom, že Venter znovu posunul hranici poznání směrem, ke skutečnému tvoření a to dokonce způsobem, pro který se hodí české - „jak na běžícím pásu“. Úspěch Američanů je považován také za další krok na dlouhé cestě k řešení nevyléčitelných chorob, organické likvidaci toxických odpadů a zřejmě i tvorbě organismů odolávajících radioaktivnímu záření.
Venterův tým pracoval s komerčně dostupnými produkty a jak sám říká „Sestavili jsme nový organismus z toho, co jsme nakoupili po lékárnách“. Pravdou je, že kromě nakoupených chemikálií si tým vyvinuli celou řadu metod. Upravili si například techniku produkce dvouvláknové DNA kopie, odvozované od individuální genové sekvence. Získané poznatky by měly najít uplatnění nejen v sestavování dalších organismů, ale také v rychlejším odhalování kriminálníků podle DNA stop zanechaných na místě činu, stejně jako ve zpřesnění a zrychlení lékařských diagnostických metod.
Nově sestavený vir Phi-X174 není z těch, které by napadaly lidské buňky, napadá bakterie Escherichia coli.
Prvním ze sestavených virů byl vir dětské obrny (poliovirus)
J. Craig Venter je výzkumným pracovníkem a současně zakladatelem a presidentem ústavu IBEA (Institute for Biological Energy Alternatives). J. Craig Venter se také podílel na rozluštění genomu člověka (projekt HUGO).
Schema mapy genomu bakteriofága Phi-X174
Pro fajnšmekry:
Sekvence genetického kódu bakteriofágu phi-X174 byla přečtena téměř před třiceti lety. Fred Sanger za to obdržel Nobelovu cenu. Tým Ventera, který se rozhodl virus sestavit měl tedy již k dispozici mapu, podle které mohl postupovat. „Stavební plán“ viru Phi-x174:
(g = guanin, a = adenin, t = tymin, c = cytosin)
1 gagttttatc gcttccatga cgcagaagtt aacactttcg gatatttctg atgagtcgaa
61 aaattatctt gataaagcag gaattactac tgcttgttta cgaattaaat cgaagtggac
121 tgctggcgga aaatgagaaa attcgaccta tccttgcgca gctcgagaag ctcttacttt
181 gcgacctttc gccatcaact aacgattctg tcaaaaactg acgcgttgga tgaggagaag
241 tggcttaata tgcttggcac gttcgtcaag gactggttta gatatgagtc acattttgtt
301 catggtagag attctcttgt tgacatttta aaagagcgtg gattactatc tgagtccgat
361 gctgttcaac cactaatagg taagaaatca tgagtcaagt tactgaacaa tccgtacgtt
421 tccagaccgc tttggcctct attaagctca ttcaggcttc tgccgttttg gatttaaccg
481 aagatgattt cgattttctg acgagtaaca aagtttggat tgctactgac cgctctcgtg
541 ctcgtcgctg cgttgaggct tgcgtttatg gtacgctgga ctttgtggga taccctcgct
601 ttcctgctcc tgttgagttt attgctgccg tcattgctta ttatgttcat cccgtcaaca
661 ttcaaacggc ctgtctcatc atggaaggcg ctgaatttac ggaaaacatt attaatggcg
721 tcgagcgtcc ggttaaagcc gctgaattgt tcgcgtttac cttgcgtgta cgcgcaggaa
781 acactgacgt tcttactgac gcagaagaaa acgtgcgtca aaaattacgt gcggaaggag
841 tgatgtaatg tctaaaggta aaaaacgttc tggcgctcgc cctggtcgtc cgcagccgtt
901 gcgaggtact aaaggcaagc gtaaaggcgc tcgtctttgg tatgtaggtg gtcaacaatt
961 ttaattgcag gggcttcggc cccttacttg aggataaatt atgtctaata ttcaaactgg
1021 cgccgagcgt atgccgcatg acctttccca tcttggcttc cttgctggtc agattggtcg
1081 tcttattacc atttcaacta ctccggttat cgctggcgac tccttcgaga tggacgccgt
1141 tggcgctctc cgtctttctc cattgcgtcg tggccttgct attgactcta ctgtagacat
1201 ttttactttt tatgtccctc atcgtcacgt ttatggtgaa cagtggatta agttcatgaa
1261 ggatggtgtt aatgccactc ctctcccgac tgttaacact actggttata ttgaccatgc
1321 cgcttttctt ggcacgatta accctgatac caataaaatc cctaagcatt tgtttcaggg
1381 ttatttgaat atctataaca actattttaa agcgccgtgg atgcctgacc taccgaggc
1441 taaccctaat gagcttaatc aagatgatgc tcgttatggt ttccgttgct gccatctcaa
1501 aaacatttgg actgctccgc ttcctcctga gactgagctt tctcgccaaa tgacgacttc
1561 taccacatct attgacatta tgggtctgca agctgcttat gctaatttgc atactgacca
1621 agaacgtgat tacttcatgc agcgttacca tgatgttatt tcttcatttg gaggtaaaac
1681 ctcttatgac gctgacaacc gtcctttact tgtcatgcgc tctaatctct gggcatctgg
1741 ctatgatgtt gatggaactg accaaacgtc gttaggccag ttttctggtc gtgttcaaca
1801 gacctataaa cattctgtgc cgcgtttctt tgttcctgag catggcacta tgtttactct
1861 tgcgcttgtt cgttttccgc ctactgcgac taaagagatt cagtacctta acgctaaagg
1921 tgctttgact tataccgata ttgctggcga ccctgttttg tatggcaact tgccgccgcg
1981 tgaaatttct atgaaggatg ttttccgttc tggtgattcg tctaagaagt ttaagattgc
2041 tgagggtcag tggtatcgtt atgcgccttc gtatgtttct cctgcttatc accttcttga
2101 aggcttccca ttcattcagg aaccgccttc tggtgatttg caagaacgcg tacttattcg
2161 ccaccatgat tatgaccagt gtttccagtc cgttcagttg ttgcagtgga atagtcaggt
2221 taaatttaat gtgaccgttt atcgcaatct gccgaccact cgcgattcaa tcatgacttc
2281 gtgataaaag attgagtgtg aggttataac gccgaagcgg taaaaatttt aatttttgcc
2341 gctgaggggt tgaccaagcg aagcgcggta ggttttctgc ttaggagttt aatcatgttt
2401 cagactttta tttctcgcca taattcaaac tttttttctg ataagctggt tctcacttct
2461 gttactccag cttcttcggc acctgtttta cagacaccta aagctacatc gtcaacgtta
2521 tattttgata gtttgacggt taatgctggt aatggtggtt ttcttcattg cattcagatg
2581 gatacatctg tcaacgccgc taatcaggtt gtttctgttg gtgctgatat tgcttttgat
2641 gccgacccta aattttttgc ctgtttggtt cgctttgagt cttcttcggt tccgactacc
2701 ctcccgactg cctatgatgt ttatcctttg aatggtcgcc atgatggtgg ttattatacc
2761 gtcaaggact gtgtgactat tgacgtcctt ccccgtacgc cgggcaataa cgtttatgtt
2821 ggtttcatgg tttggtctaa ctttaccgct actaaatgcc gcggattggt ttcgctgaat
2881 caggttatta aagagattat ttgtctccag ccacttaagt gaggtgattt atgtttggtg
2941 ctattgctgg cggtattgct tctgctcttg ctggtggcgc catgtctaaa ttgtttggag
3001 gcggtcaaaa agccgcctcc ggtggcattc aaggtgatgt gcttgctacc gataacaata
3061 ctgtaggcat gggtgatgct ggtattaaat ctgccattca aggctctaat gttcctaacc
3121 ctgatgaggc cgcccctagt tttgtttctg gtgctatggc taaagctggt aaaggacttc
3181 ttgaaggtac gttgcaggct ggcacttctg ccgtttctga taagttgctt gatttggttg
3241 gacttggtgg caagtctgcc gctgataaag gaaaggatac tcgtgattat cttgctgctg
3301 catttcctga gcttaatgct tgggagcgtg ctggtgctga tgcttcctct gctggtatgg
3361 ttgacgccgg atttgagaat caaaaagagc ttactaaaat gcaactggac aatcagaaag
3421 agattgccga gatgcaaaat gagactcaaa aagagattgc tggcattcag tcggcgactt
3481 cacgccagaa tacgaaagac caggtatatg cacaaaatga gatgcttgct aatcaacaga
3541 aggagtctac tgctcgcgtt gcgtctatta tggaaaacac caatctttcc aagcaacagc
3601 aggtttccga gattatgcgc caaatgctta ctcaagctca aacggctggt cagtatttta
3661 ccaatgacca aatcaaagaa atgactcgca aggttagtgc tgaggttgac ttagttcatc
3721 agcaaacgca gaatcagcgg tatggctctt ctcatattgg cgctactgca aaggatattt
3781 ctaatgtcgt cactgatgct gcttctggtg tggttgatat ttttcatggt attgataaag
3841 ctgttgccga tacttggaac aatttctgga aagacggtaa agctgatggt attggctcta
3901 atttgtctag gaaataaccg tcaggattga caccctccca attgtatgtt ttcatgcctc
3961 caaatcttgg aggctttttt atggttcgtt cttattaccc ttctgaatgt cacgctgatt
4021 attttgactt tgagcgtatc gaggctctta aacctgctat tgaggcttgt ggcatttcta
4081 ctctttctca atccccaatg cttggcttcc ataagcagat ggataaccgc atcaagctct
4141 tggaagagat tctgtctttt cgtatgcagg gcgttgagtt cgataatggt gatatgtatg
4201 ttgacggcca taaggctgct tctgacgttc gtgatgagtt tgtatctgtt actgagaagt
4261 taatggatga attggcacaa tgctacaatg tgctccccca acttgatatt aataacacta
4321 tagaccaccg ccccgaaggg gacgaaaaat ggtttttaga gaacgagaag acggttacgc
4381 agttttgccg caagctggct gctgaacgcc ctcttaagga tattcgcgat gagtataatt
4441 accccaaaaa gaaaggtatt aaggatgagt gttcaagatt gctggaggcc tccactatga
4501 aatcgcgtag aggctttgct attcagcgtt tgatgaatgc aatgcgacag gctcatgctg
4561 atggttggtt tatcgttttt gacactctca cgttggctga cgaccgatta gaggcgtttt
4621 atgataatcc caatgctttg cgtgactatt ttcgtgatat tggtcgtatg gttcttgctg
4681 ccgagggtcg caaggctaat gattcacacg ccgactgcta tcagtatttt tgtgtgcctg
4741 agtatggtac agctaatggc cgtcttcatt tccatgcggt gcactttatg cggacacttc
4801 ctacaggtag cgttgaccct aattttggtc gtcgggtacg caatcgccgc cagttaaata
4861 gcttgcaaaa tacgtggcct tatggttaca gtatgcccat cgcagttcgc tacacgcagg
4921 acgctttttc acgttctggt tggttgtggc ctgttgatgc taaaggtgag ccgcttaaag
4981 ctaccagtta tatggctgtt ggtttctatg tggctaaata cgttaacaaa aagtcagata
5041 tggaccttgc tgctaaaggt ctaggagcta aagaatggaa caactcacta aaaaccaagc
5101 tgtcgctact tcccaagaag ctgttcagaa tcagaatgag ccgcaacttc gggatgaaaa
5161 tgctcacaat gacaaatctg tccacggagt gcttaatcca acttaccaag ctgggttacg
5221 acgcgacgcc gttcaaccag atattgaagc agaacgcaaa aagagagatg agattgaggc
5281 tgggaaaagt tactgtagcc gacgttttgg cggcgcaacc tgtgacgaca aatctgctca
5341 aatttatgcg cgcttcgata aaaatgattg gcgtatccaa cctgca
Diskuze:
DNA
HustoXIxa,2003-11-24 13:24:47
Můžete mi prosím vás někdo říct, kde jste sehnali ten kompletní výpis DNA? Já jsem teda opravdu skalní fanda a docela by mě to zajímalo.
Předem děkuji za odpověď.
ještě mi není jasné
pavel houser,2003-11-20 16:26:48
ještě mi není jasných pár věcí:
- oni jsou schopni udělat tuto celou sekvenci s přesností na jedinou bázi?
- virus dokáže vniknout do buňky i bez proteinového obalu?
- co koduje jeho dna za proteiny? vlastni polymerazu, nebo něco, co mu pak umožní vniknout do escherichia coli?
ta potvora
Josef Pazdera,2003-11-18 19:51:39
Vir PhiX174 byl prvním virem u kterého bylo zjištěno, že jeho genom je tvořen pouze jednovláknovou DNA. Jedná se tedy skutečně o DNA vir.
Pokud je vlákno zapakováno do virionu, používá se pro něj někdy termín „plus“ vlákno. Jakmile se toto vlákno PhiX174 DNA (plus vlákno) ocitne v buňce, začne sloužit jako matrice pro tvorbu mínus vlákna a vytváří se dvojvláknová DNA. Vir to má dobře vymyšleno, takže konverze virové jednovláknové DNA (plus vlákna) na dvouvláknovou DNA, nevyžaduje účast žádného dalšího virového genu. Dvouvláknová virová DNA může být transkribována a dát vznik fágem kódovaným proteinům. Enkapsulována je jednovláknová virová DNA ale až v pozdní fázi infekce.
Všechny geny na PhiX174 DNA vlákně jsou čteny ve směru hodinových ručiček. Syntéza vlákna začíná v místech, kde kruhové vlákno roštěpí enzym PstI.
Sekvence, podle které se vir v buňce replikuje byly pod článkem uvedeny jako pokus o vtip. Nicméně, uvedená sekvence (délka genomu je 5386 nukleotidů) je skutečný genom viru a přesně tyto sekvence musel tým Ventera sestavit, aby dostal funkční jednovláknovou kruhovou DNA, schopnou rozběhnout v buňce tvorbu dalších PhiX174 DNA vláken...
Diskuze je otevřená pouze 7dní od zvěřejnění příspěvku nebo na povolení redakce
