Před pár týdny by to sotva kdo tušil, ale dnes už lze brát výzkum kolem covidu spíše jako povyražení od překotného vývoje událostí v úplně jiném směru. Tým australského institutu Doherty Institute nedávno analyzoval vznik nových variant pandemického koronaviru SARS-CoV-2 a rychlost, kterou tato potvora mutuje. Ohromné množství dat o pandemických genomech dovoluje analyzovat podobné věci v takovém rozsahu, o jakém se nám předtím ani nesnilo.
Sebastian Duchene a jeho kolegové zjistili, že pandemický koronavirus podle všeho prochází lokálními a dočasnými „erupcemi“ mutací, kdy se jeho mutační rychlost významně zrychlí. Pak se zase vše vrací k normálu, tedy obvyklé, poměrně ucourané rychlosti mutací, která je pro koronaviry typická.
Podle Ducheneho viry obvykle mutují konstantní rychlostí, čemuž odpovídá i vznik nových variant či kmenů. Nicméně, u variant viru SARS-CoV-2 jsme svědky toho, že u nich naskakují mutace jako akné v pubertě. Mnohem rychleji, než by měly při normální rychlosti evoluce u koronaviru.
Duchenenův tým detailně analyzoval stovky sekvencí genomů různých variant původce covidu-19, aby poodhalil mechanismy, které doprovázejí jejich vznik. Soustředili se přitom na čtyři výrazné varianty před příchodem omikronu, tedy alfu, betu, gamu a deltu. Původně si odborníci mysleli, že SARS-CoV-2 celkově zvyšuje rychlost mutací. Ukazuje se ale, že to jsou jen dočasná zrychlení. Jako když v pekelném pandemickém autě občas dupnete na plyn.
Zatím není úplně jasné, proč a jak k těmto zrychlením mutační rychlosti dochází. Podle Ducheneho za tím může být řada faktorů, které navíc mohou působit současně. Mluví se o intenzivním působení přírodního výběru ve prospěch úniku před imunitou hostitele, vlivu masivního šíření viru mezi neočkovanými hostiteli nebo o extrémně dlouhých infekcích u lidí s pochroumanou imunitou.
Výzkum každopádně pokračuje. Badatelé zdůrazňují, že kvůli jejich výsledkům ještě více roste význam intenzivního průzkumu sekvencí a čtení genomů (a testování, samozřejmě). Včasná výstraha je nejlepší a nejlacinější zbraní proti novým variantám covidu-19. Kdybychom například detekovali a analyzovali omikron ve chvíli, kdy se vyskytoval jen u pár lidí, nemusel se vůbec rozšířit. Je lepší vlnu zaříznout v počátku, než se pak belhat za ní a sčítat nemocné s mrtvými.
Video: MIG webinar - Sebastian Duchene - 8th May 2020
Literatura
Původ nepřítele: Kde se vzal virus SARS-CoV-2
Autor: Stanislav Mihulka (19.03.2020)
Loterie osudu: Jak SARS-CoV-2 mutuje?
Autor: Stanislav Mihulka (26.03.2020)
Boj s variantami: Má mutování covidu vůbec nějaké hranice?
Autor: Stanislav Mihulka (11.02.2021)
Jak je to s poruchou srážlivosti krve u infekce COVID-19 nebo po očkování?
Autor: Milan Krajíček (20.10.2021)
Roztok oxidu chloričitého (CDS) a léčba COVID-19
Autor: Miloslav Pouzar (01.01.2022)
Prochází SARS-CoV-2 z jedné buňky do další přímo?
Autor: Dagmar Gregorová (20.01.2022)
Diskuze:
Zaujímavá štúdia
Pavel Gašperík,2022-03-03 08:09:20
https://www.science.org/content/article/do-three-new-studies-add-proof-covid-19-s-origin-wuhan-animal-market
Konspirace?
Libor Tomsik,2022-03-02 20:48:59
Slysel jsem rozhovor s pani doktorkou Soňou Pekovou, kde tvrdila, ze v clanku popsane "slapnuti na plyn" je cilene vypousteni novych mutaci z labolatore. Je znam mechanismus, jak by to mohl delat vir sam a treba jine zname priklady? Ze tu behaji cinsti agenti a siri nove, mene nebezpecne mutace mi prijde prehnane. Ale, ze vir z niceho nic skokove zmutuje na vice mistech je take nejake podivne.
Re: Konspirace?
Petr Vyoral,2022-03-03 00:09:44
"Skoky" jsou v evolučním vývoji poměrně běžné a nový druh se může po určitou dobu neměnit a následně rychle změnit (teorie tzv. zamrzlé evoluce). Proto není nic překvapivého na tom, že mutace a jimi definované nové varianty SARS-Cov-2 nevznikají konstantní rychlostí, a není důvod v tom hledat konspiraci.
Re: Re: Konspirace?
Tomáš Hluska,2022-03-03 08:53:17
Zamrzlá evoluce se týká spíš fenotypu, než genotypu. A navíc se týká pohlavně se rozmnožujících druhů.
Re: Konspirace?
M. Marvan,2022-03-03 07:39:50
Nevidím v tom až tak velkou záhadu. Pozorujeme to celou dobu jako přechod k infekčnějším, ale méně nebezpečným variantám. Epidemie je masivně paralelní množení viru a tím i masivně paralelní vršení mutací. Mutace přitom nejen vznikají, ale i zanikají tím, že příslušná větev vymře (okolí nositele už je obsazeno infekčnější variantou). Když se epidemie rozbíhá, třeba začátkem podzimní sezóny, vymírání větví není tak časté, jako když je epidemie v plném proudu. Takže spíš než šlapání na plyn bych to nazval uvolňování brzdy.
Re: Konspirace?
M. Marvan,2022-03-03 08:07:18
Ještě k té skokové mutaci na více místech. Vznik mutací je náhodný proces, a proto neprobíhá pravidelným tempem. Názorným příkladem je třeba příjezd lodí do přístavu. Jestliže lodi přijíždějí opravdu náhodně, tak je poměrně běžné, že jich přijede v krátkém sledu víc a pak delší dobu žádná. Teprve v delším časovém horizontu se dá mluvit o nějaké pravidelnosti.
bylo by dobře zaříznout omikron?
František Liška,2022-03-01 12:02:49
O závěru článku (že by bylo dobře zaříznout vlnu omikronu hned na začátku) si dovolím pochybovat, neboť tato velmi málo patogenní varianta mohla naopak zařídit úspěšné "dopromoření" populace. Tedy ta patogenita je tak malá i proti normální chřipce, že s nepříliš velkou nadsázkou by bylo možno z omikronu udělat klasickou živou oslabenou vakcínu. I další případné pandemie by logicky měly mířit tímto směrem (optimalizace soužití s hostitelem ve smyslu snižující se patogenity a zvyšující se infekčnosti), a v takovém případě by mohla být opatření na snížení cirkulace nové varianty i kontraproduktivní (prodloužení přítomnosti předchozí, více agresivní varianty).
Diskuze je otevřená pouze 7dní od zvěřejnění příspěvku nebo na povolení redakce
