Přicházejí rekombinanti. Kredit: NIAID.

Mutování covidu, to jsou takové šťouchance jednotlivými změnami v genomu. Mutace se kumulují, je to ale stále takové riziko na volnoběh. Až doteď. Jenomže viry umějí i jiné věci, než jenom tikat jednotlivými mutacemi. Nedávno došlo v Kalifornii k tomu, že evoluce covidu pořádně vycenila zuby. A vyplivla rekombinantní monstrum.

V Kalifornii, na rozdíl od nás, čtou genomy covidu a mohou takové věci objevit. V jednom kalifornském vzorku našli rekombinantní genom, který je hybridem, křížencem. V tomto případě se zkřížila „britská“ varianta B.1.1.7, považovaná za více infekční a možná i více smrtící než původní covid – s „kalifornskou“ variantou B.1.429, která zřejmě převálcovala Kalifornii díky mutacím, co ji umožňují se do jisté míry vyhnout protilátkám, například po nemoci.

Bette Korber. Kredit: Sante Fe Institute.

Rekombinantní covid objevila počátkem února Bette Korber z laboratoří Los Alamos National Laboratory v Novém Mexiku. Pokud bude jeho existence potvrzena, tak půjde o první známý rekombinantní genom této pandemie. Hrozba rekombinací visí nad covidem od počátku. U koronavirů to totiž není nic neobvyklého. Dvě nezávislé výzkumné skupiny pátraly po rekombinacích v genomech covidu v prosinci 2020 a v lednu 2021. Nenašly nic.

Obyčejné mutace se v genomu covidu objevují pomalu. Tu se změní písmeno v sekvenci RNA, tam zase nějaké zmizí anebo se objeví nové. Ale rekombinace, to je jako evoluční tektonický zlom. Velká změna s řadou mutací najednou. Jak uvádí François Balloux z britské University College London, rekombinace mají v evoluci koronavirů zřejmě zásadní význam. Podle řady odborníků právě rekombinací před časem vznikl dnešní pandemický virus SARS-CoV-2.

Rekombinace by mohly vést ke skokovém objevení nových variant a možná i kmenů, s podstatně odlišnými vlastnostmi. Mohou být významně nebezpečnější než stávající varianty. Pokud jde o kalifornský rekombinantní genom, zatím není jasné, jak velké riziko představuje a zda se vůbec šíří. Zatím víme, že nese deleci Δ69/70 „britské“ varianty, která zřejmě zvyšuje infekčnost a mutaci L452R „kalifornské“ varianty, která zřejmě souvisí s odolností vůči protilátkám po nemoci. Vlastnosti covidu s určitým genomem, tedy i tohoto rekombinantního, jsou výsledkem projevů celého genomu, včetně všech případných mutací. Proto je obtížné odvodit tyto vlastnosti z pouhého seznamu mutací, u nichž známe jejich projevy. Ukáže se to až v terénu, mezi nakaženými.

Rekombinace u virů. Kalifornské monstrum by mělo být vytvořené mechanismem B (Template switching). Kredit: Dennehy, J. (2016), Ann. N.Y. Acad. Sci.

Koronaviry rekombinují, protože jejich replikace není dokonalá. Když se do jedné buňky dostanou dva různé genomy koronaviru, tak během replikace může dojít ke smíchání jejich sekvencí dohromady. Výsledkem je hybridní virus, na kterém je to poměrně jednoduše poznat. Je jako mozaika ze dvou variant dohromady. Pro koronaviry je to úspěšná životní strategie.

Jsme ve svízelné situaci. Globálně a v České republice tuplem. Všude je plno nakažených, mezi nimiž se šíří nové varianty, bohužel skryty před našimi zraky. To je doslova ideální podhoubí pro rekombinace. Sergei Pond z americké Temple University v Pensylvánii se obává, že jsme možná dospěli do stavu, kdy se vyrojí jedna rekombinace za druhou. Pond je jedním z lidí, co to hlídají. Tráví celé dny analyzováním databází genomů covidu. Jak se zdá, čeká nás přinejmenším horká zima s jarem. Na nějaké uvolňování opatření bychom, bohužel, měli prozatím raději zapomenout.

Video: Bette Korber: Spike mutations and recombination in SARS-CoV-2 pandemic viruses

Video: "Vaccines vs Viral Variability" -- Bette Korber

Literatura

New Scientist 16. 2. 2021.