Boj proti novým variantám covidu sotva začal. Kredit: CDC / Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAM.

Jak už bylo mnohokrát řečeno, pandemický koronavirus mutuje, jako každý virus. A stejně tak už mnohokrát zaznělo, že mutuje pomalu, tedy alespoň na poměry mezi RNA viry. Teď, když je viru SARS-CoV-2 plný celý svět, se v jeho genomech objevuje jedna nepříjemná mutace za druhou. Jako houby po dešti. Je to, bez nadsázky, závod s časem, protože mutace by mohly přinést (a už zřejmě z části přinášejí) odolnost vůči imunitě získané onemocněním, imunitě vyvolané očkování nebo nedejbože závažnější průběhy onemocnění či častější úmrtí.

Vincent Racaniello. Kredit: V. Racaniello.

Když tohle všechno vidíme, tu temně hučící řeku mutací, tak by nás mohlo napadnout, jestli mají mutace covidu nějaká omezení. Nebo zda se může prostřednictvím mutací vyvíjet donekonečna. Právě tuhle otázku si položil web Live Science, který následně oslovil několik odborníků.

Stručná odpověď je docela prostá. Jak uvádí Vincent Racaniello z americké Columbia University v New Yorku, tohle nevíme. Technicky vzato je počet možných kombinací vzniklých mutacemi jednotlivých písmen RNA genomu viru doslova vesmírný. Corona má v genomu 29 881 písmenek. Počet možných kombinací genomů je cca 4¹⁴⁹⁴¹. Čili absurdně extrémně nesnesitelně nepředstavitelné číslo. Pro představu, fyzici odhadují, že v celém vesmíru je „pouze“ 4¹³⁵ atomů. To je mnohem, opravdu mnohem méně. Uvedený počet kombinací mutací navíc zahrnuje jen jednoduché změny jednoho písmena za jiné. Jenomže mutace mohou být mnohem odvázanější. Může docházet ke složitějším výměnám, inzercím neboli vkládání písmen či naopak delecím, tedy vypouštění písmen, a to v různém počtu. Možnosti jsou očividně ohromné.

Genom covidu. Mutacím se (téměř) meze nekladou. Kredit: Furfur / Wikimedia Commons.

Mnoho mutací se objevuje v proteinu spike, který představuje klíč viru ke vstupu do buňky hostitele. V takovém případě si jakžtakž představíme nebo namodelujeme, co která mutace způsobuje. Mutují ale i jiné proteiny viru, jejichž funkci obvykle známe velmi povrchně nebo skoro vůbec. Ve většině případů tyto proteiny nějak zasahují imunitu hostitele. Každopádně nevíme, kolik a jakých mutací je nutných například k tomu, aby se z covidu stal mnohem výkonnější terminátor.

Ve skutečnosti to samozřejmě není tak horké. Mnohé mutace jsou pro virus smrtící, takže hned po svém vzniku zase zmizí. Mnohé další mutace jsou synonymní, což znamená, že se sice změní písmeno v genomu, ale aminokyselina v proteinu zůstane stejná, protože genetický kód je poněkud neefektivní a jednu aminokyselinu v řadě případů kóduje více než jedna trojice písmen sekvence RNA. Na druhou stranu, podle dřívějších studií se u RNA virů může měnit mutacemi obvykle více než polovina genomu. Koronaviry jsou sice v řadě věcí výjimečnými RNA viry, nepochybně ale mají dost slušný potenciál pro mutování.

Teď to sledujeme v přímém přenosu. Nejde jen o tři nejčastěji zmiňované nové varianty, tedy „britskou“, „jihoafrickou“ a „brazilskou“ (čili B.1.1.7, B.1.351 a P.1). V Kalifornii se vynořila varianta CAL.20C nebo též B.1.429, která se lavinovitě šíří v Los Angeles a na dalších místech. Tým Broni Brejové z Univerzity Komenského v Bratislavě před pár dny popsal nový typ varianty B.1.258 s delecí ∆H69/∆V70, pod názvem B.1.258∆, na základě výskytu v České republice a na Slovensku. Je to tedy řekněme česko-slovenská podvarianta.

Pokud jde o budoucnost, tak ta je nejistá. Virus se chce množit, replikovat. Čím lépe se mu to daří, tím více se objevuje mutací a tím více se vynoří nových riskantních variant covidu. Musíme mu v tom co nejvíc bránit. Epidemiologickými opatřeními a očkováním. Zároveň ale, tím jak část lidí už nemoc prodělala a další část je už, alespoň v některých zemích očkovaná, roste selekční tlak na mutace, které viru umožňují vyhnout se imunitě hostitele. Mutace sice vznikají náhodně, když se ale strefí na správné místo, tak má zmutovaný virus najednou ohromnou výhodu. Jako když někdo střílí poslepu a najednou trefí benzínovou pumpu, jejíž exploze srovná celé okolí se zemí.

Co teď víme o variantách covidu je jen špičkou ledovce. V České republice bohužel schází politická prozíravost a odhodlání plošně číst genomy covidu, abychom měli přehled o aktuální situaci s variantami a mohli na tuto situaci nějak reagovat. V Německu a Rakousku už detekovali „jihoafrickou“ variantu, která minimálně zčásti obchází stávající očkování a imunitu po prodělání nemoci. Může už klidně být u nás. Také u nás kdykoliv může vzniknout nová varianta, která by nám mohla pořádně zatopit. Ještě rozhodně není konec. Bez čtení sekvencí genomů zůstáváme slepí a zranitelní.

Literatura

Live Science 11. 2. 2021.

arXiv:2102.04689.