MinION: Malý zázrak nanopórového čtení DNA. Kredit: Oxford Nanopore.

Když americký umělec a designér Wah Ming Chang kdysi dávno navrhoval rekvizity k původní řadě seriálu Star Trek, tak ho zřejmě nenapadlo, jak extrémně ovlivní vývoj technologií na desítky let dopředu. Jeho komunikátor se již před lety stal předobrazem mobilních telefonů. A ve vědeckém zpravodajství se občas objevují trikordéry, když někdo vymyslí kapesní přístroj, který dovede neočekávané věci.

Aspyn Palatnick s prvním mobilním analyzátorem DNA na světě. Kredit: CSHL.

Aspyn Palatnick z laboratoří Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) a jeho kolegové vyvinuli úžasné, před pár lety ještě téměř nepředstavitelné zařízení, kterému by ve Star Treku mohli říkat třeba „genkordér“. Je to první mobilní analyzátor sekvencí genomu na světě v podobě aplikace iGenomics. Když se prostřednictvím této aplikace propojí iPhone a kapesní čtečka DNA, tak vznikne mobilní genomová laboratoř, jaká by se neztratila ani ve Star Treku.

„Genetický trikordér“ běží kompletně na iOSu. Jeho uživatelé nebudou v terénu tak závislí na konvenčních počítačích ani objemném vybavení. To je velmi praktické pro čtení sekvencí přímo v terénu a také v komplikované době pandemie. Zařízení pro čtení sekvencí, které se pohodlně vejde do kapsy, vyrobili Oxford Nanopore a dle očekávání čte sekvence pomocí bleskurychlé technologie nanopórů.

Oxford Nanopore Technologies, logo.

Jak autoři genetického trikordéru správě připomínají, zatím tu ještě nebyla kapesní technologie čtení a analýzy sekvencí DNA. Všechno se to dělalo na velkých a drahých počítačích. Podle vedoucího výzkumu Michaela Schatze během pandemie létají vědci po světě s kufry plnými nanopórových čteček, laptopů i serverů, aby mohli na místě sbírat a analyzovat data. S aplikací iGenomics to bude všechno jednodušší, přenosnější a levnější. Zařízení s IOsem si také mohou posílat data aplikací AirDrop, dokonce i bez internetového připojení.

Aplikace iGenomics si nepokrytě dělá zálusk na čtení sekvencí DNA ve vesmíru. Tam čeká na biology překvapivě hodně práce. Tvůrci aplikace sní také o tom, že usnadní práci terénním i občanským vědcům, kteří by rádi četli sekvence, ale nemají na to velkoryse vybavenou laborku ani tučné granty. Aplikace iGenomics dokáže například rychle zmapovat sekvence virových patogenů, nejen covidu, ale i nespočtu dalších. To by mohlo být zásadním přínosem pro včasnou diagnózu, léčbu, prevenci i výzkum těchto onemocnění.

Video: Aspyn Palatnick on Genomics on an iPhone

Literatura

Cold Spring Harbor Laboratory 7. 12. 2020.

Gigascience 9: giaa138.