Fran Rauscherová z americké University of Wisconsin popsala „Mozartův efekt“ už v roce 1993  a publikovala svůj objev v prestižním vědeckém časopisu Nature. Dosáhla toho, že se Mozartova sonáta pro dva klavíry D dur vyhoupla na přední pozice nejprodávanějších cédéček, ale řadu svých kolegů nepřesvědčila. Nebylo jasné, proč by takhle měla na lidský mozek působit právě jedna Mozartova skladba. Mnozí vědci přičítali „Mozartův efekt“ jednoduše zlepšení nálady posluchačů, kterým se Mozart jednoduše líbil, zatímco kontrolní skupiny dobrovolníků poslouchající před testem prostorové představivosti moderní hudbu nebo ticho se do patřičné pohody nedostali. Objevily se ale i teorie o tom, že Mozartova sonáta má rytmické prvky, které rezonují s přirozenými rytmy v aktivitě neuronů lidského mozku.

Rauschnerová se spojila s genetičkou Hong Hua Li ze Stanford University a rozhodly se pátrat po tajích „Mozartova efektu“ přímo v mozku. Nejprve obě vědkyně nechaly laboratorní potkany poslouchat Mozartovu sonátu a pak otestovaly jejich „potkaní IQ“. Zvířata dosahovala skutečně lepších výsledků než potkani chovaní v tichu nebo poslouchající jinou hudbu. Pak se začala Liová hrabat potkanům v mozku. U zvířat poslouchajících Mozartovu sonátu zjistila zvýšenou aktivitu hned několika genů důležitých pro funkce mozku. Vedle genu pro nervový růstový faktor BDNF a genu pro  synapsin I budila Mozartova hudba i gen pro bílkovinu CRPEB, který se v mozku aktivuje proměnou na bílkovinu prionového typu a následně pak „zapíná“ geny nezbytné pro tzv. dlouhodobou potenciaci neuronů – tedy pro „prošlápnutí cestičky“ mezi současně podráženými neurony, jež je základem ukládání informací do paměti. Všechny tyto změny v aktivitě genů byly patrné v hippokampu, který sehrává klíčovou roli v pamatování.

Je nutno přiznat, že Rauscherová a Liová  opět nepřesvědčily o reálnosti „Mozartova efektu“ všechny skeptiky. Někteří jsou stále spíš nakloněni připisovat vliv Mozarta obecnému „obohacení prostředí o podněty“.

Na druhé straně ale mnozí kliničtí psychologové a psychiatři na Mozarta spoléhají bez ohledu na učené disputace neurologů. Vědí, že poslech Mozartovy sonáty má průkazný pozitivní vliv na pacienty stižené Alzheimerovou chorobou a že epileptikům uleví hra této skladby na piano. Ti se drží jednoduché zásady „je jedno proč, ale hlavně že to funguje“.

Co se dělo v Mozartově hlavě, když skládal, to nevíme. Snad ale začínáme tušit, co se děje v našich hlavách, když muziku tohohle geniálního chlapíka posloucháme.

Mozartova sonáta „budí“ některé geny v části mozku zvané hipokampus. Tam sídlí kromě jiného i naše paměť.

Jednou z molekul, která se objevuje ve zvýšené míře v mozku poslouchajícím Mozartovu sonátu pro dva klavíry D dur, je synapsin – na snímku nervové buňky molekuly synapsinu „svítí“ žlutě.