Antibiotika uzdravují miliony lidí a mnohým zachrání život. Zaplatíme za to změnou v mikrobiální zoo, kterou si každý z nás nese v útrobách. K tomuto závěru došel tým švédských mikrobiologů vedený Larsem Engstrandem ze stockholmského Karolinska Institutet. Vědci zkoumali mikroflóru v krku a střevu tří pacientů, kteří se podrobili léčbě žaludečních nebo dvanáctníkových vředů. Tato onemocnění vyvolává bakterie Helicobacter pylori, která jako jedna z mála dokáže žít i v silně kyselém obsahu žaludku. Je jí nakaženo zhruba osmdesát procent světové populace. U většiny lidí nevyvolává soužití s Helicobacter pylori žádné potíže. Někdy ale bakterie „zlobí“ a pak způsobuje záněty, narušuje sliznici žaludku nebo dvanáctníku a v konečném důsledku může vyvolat zhoubné nádorové bujení. Za objev role bakterie Helicobacter pylori při vzniku těchto onemocnění získali australští lékaři Barry Marshall a Robin Warren v roce 2005 Nobelovu cenu.
Pacienti sledovaní Engstrandovým týmem užívali po celý týden dvakrát denně kombinaci tří různých antibiotik. Po následující čtyři roky pak vědci sledovali u těchto lidí změny v mikroflóře krku a střeva. Pro srovnání vyšetřovali mikrobiologové po stejně dlouhou dobu i tři zdravé dobrovolníky, kteří léčebnou kůru proti bakterii Helicobacter pylori nepodstoupili. Během čtyřletého sledovacího období nikdo z pacientů ani zdravých účastníků pokusu neužíval další antibiotika.
Lékaři se několikrát pokusili postihnout změny, které vyvolá léčba antibiotiky ve střevní mikroflóře pacientů. Používali k tomu kultivace bakterií izolovaných ze stolice. Tímto klasickým přístupem však postihli jen příslovečnou špičku „bakteriálního ledovce“. Odhaduje se, že až 80% druhů bakterií vědcům unikalo, protože jim v laboratorních podmínkách neuměli vytvořit podmínky vhodné k růstu. Teprve moderní genetické analýzy odhalují plné spektrum bakteriálních druhů tím, že detekují v odebraných vzorcích geny typické pro různé druhy bakterií. Engstrandův tým použil jedné z nejmodernějších metod pro čtení dědičné informace a díky tomu získal kompletní přehled o všech mikrobech, kteří se v krku a střevu dobrovolníků nacházeli.
Už počáteční vyšetření před zahájením léčby přineslo zajímavé výsledky. Odhalilo, že všichni hostíme velmi podobné bakterie. V krku hrají prim mikrobi rodů Streptococcus, Prevotella, Coprococcus, Actinomyces a Neisseria. Ve střevu mají navrch bakterie Lachnospiraceae, Bifidobacterium, Collinsella a Ruminococcaceae. Každý účastník pokusu však měl tyto mikroby namíchány v trochu jiných poměrech a kombinacích. Mikroby krku se mezi jednotlivými dobrovolníky lišily méně než mikroby ve střevu. Střevní mikroflóra tedy odráží naši individualitu mnohem výrazněji. Během čtyřletého sledování procházela mikroflóra v krku i střevu jednotlivých dobrovolníků určitými výkyvy. Přesto má mikrobiální zoo v našich útrobách za normálních okolností víceméně stabilní složení. Týdenní kúra antibiotiky při léčbě žaludečních a dvanáctníkových vředů však s mikroflórou pacientů drasticky zamávala. Prakticky okamžitě došlo k poklesu v počtu bakterií a razantnímu zúžení spektra jejich druhů. Druhová pestrost se pak pomalu obnovovala. Ani po čtyřech letech se však bakterie z tohoto zásahu plně nevzpamatovaly a některé druhy nedokázaly jednou vyklizené pozice znovu obsadit.
Pacienti léčení antibiotiky se lišili druhovým spektrem bakterií už před podáním léků. I proto měla zřejmě léčba na bakterie každého z nich trochu jiný efekt. Všem třem nemocným se vytrácely z krku bakterie Actinomyces a Prevotella, zato se jim tam pomnožily bakterie Neisseria. Jednomu pacientovi se však poněkud nečekaně zmnožily v krku i bakterie Haemophilus a Streptococcus. Ve střevu hubila antibiotika přednostně bakterie Bifidobacterium, Collinsella a Ruminococcus. Střevní bakterie, kterým antibiotika svědčila, se u jednotlivých pacientů lišily. Jednomu přibylo výrazně bakterií Lachnospiraceae, dalšímu se namnožily bakterie Klebsiella a u třetího stoupl počet bakterií Enterococcus.
Užívání antibiotik je spojeno s rizikem vzniku bakterií, které těmto lékům odolávají. Platí to i pro léčbu žaludečních a dvanáctníkových vředů. Ve světě se vyskytují kmeny bakterie Helicobacter pylori, které některým antibiotikům vzdorují. Larse Engstranda a jeho kolegy však zajímalo, zda a v jaké míře se objeví rezistence k antibiotikům také mezi bakteriemi, na něž nebyla léčba cílena. Před zahájením léčby se v krku ani střevu dobrovolníků bakterie odolné k antibiotikům prakticky nevyskytovaly. Už po první dávce léků se však rezistentní bakterie objevily a doslova zaplavily střevo. V krku bylo bakterií nesoucích gen pro odolnost k antibiotikům poměrně málo. Ještě rok po léčbě však byl počet rezistentních bakterií ve střevu silně zvýšen a odolné bakterie z něj nezmizely dokonce ani čtyři roky po antibiotické kúře. Zajímavé je, že u jednoho z dobrovolníků, kteří nebyli léčeni antibiotiky, došlo po prvním roce sledování rovněž k určitému vzestupu v počtu rezistentních bakterií. Gen pro odolnost zřejmě získaly jeho bakterie z vnějšího prostředí.
Lars Engstrand a jeho spolupracovníci ve studii zveřejněné předním vědeckým časopisem PLoS ONE sami uvádějí, že počet sledovaných osob je příliš malý, než aby bylo možné z výsledků vyvozovat závěry platné pro širší populaci. Přesto je jasné, že léčba antibiotiky má na mikroby našeho těla razantní a dlouhodobý dopad. Za čtyři roky už si většina lidí ani nepamatuje, že antibiotika užívali. Společenstvo bakterií jejich krku a střeva je však léčbou stále ještě poznamenáno. Zvláště důležitý je objev dlouhodobě přežívajících bakterií s geny pro rezistenci k antibiotikům. Bakterie si dokážou tyto geny navzájem předávat a rezistenci tak mohou poměrně snadno získat i bakterie, která byly původně k léku vysoce citlivé. To se může ukázat jako problém při následných infekčních onemocněních vyvolaných jinými typy bakteriemi, než je původce žaludečních vředů Helicobacter pylori.