Počátky domestikace koně halilo tajemství. Nepřímé důkazy o chovu koní pocházejí z doby před 6 500 roků, kdy lidé dávali nebožtíkům do hrobu spolu s kostmi domácích zvířat i kosti koní. Nelze však vyloučit, že šlo o kosti ulovených divokých zvířat. Tělesnými proporcemi se tito koně nijak nelišili od nedomestikovaných zvířat.
První změny v anatomii, jež lze připsat na vrub domestikace, jsou patrné u koní, kteří žili před 4500 roků. Nejde však o změny tak dramatické, jaké byly patrné u jiných zdomácnělých živočichů. Nesporné důkazy o domestikaci koně pocházely z doby před 4000 lety. V té době byli koně zapřaháni do vozů. A významní velmožové byli pohřbívání i se svými vozy a koňmi.
Tým britských, amerických, francouzských a kazašských archeologů prozkoumal na severu Kazachstánu zbytky sídlišť lidí botajské kultury. V sídlech z doby před 5 500 roků našli obrovské množství koňských kostí. Patřily různě starým zvířatům a někteří vědci z toho usuzovali, že koně byli loveni a nikoli chování. Mezinárodní tým pod vedením britského archeologa Alana Outrama z University of Exeter prověřoval možnost, že lidé botajské kultury koně chovali, hned na několika frontách.
Vědci prostudovali důkladně anatomii kostí nohou botajských koní a zjistili, že jsou o poznání štíhlejší než kosti divokých koní. Proporcemi odpovídaly končetinám dnešních domácích koní z Mongolska nebo kostech domácích koní chovaných lidmi z doby bronzové. Detailní pohled na zuby a čelisti botajských koní odhalil neklamné stopy po dlouhodobém používání udidla. Zuby byly obroušené a čelistní kosti v namáhaných místech zesílily.
Přesvědčivé svědectví o významném postavení koní v životě lidé botajské kultury vydaly střepy keramických nádob. V pórech keramiky ulpěly zbytky tuku. Jeho izotopové složení odpovídá tuku z koňského masa a z kobylího mléka.
„Narazili jsme na zdomácnělé koně,“ glosoval výsledky výzkumu Alan Outram v rozhovoru pro vědecký týdeník Nature. „Narazili jsme na ostatky domácích koní využívaných k jízdě i pro mléko.“
Tradice chovu koní a využívání kobylího mléka je v Kazachstánu živá dodnes. Kysaný nápoj kumys vyráběný z kobylího mléka se tu stále těší velké oblibě. Přesto je objev centra domestikace koně v severním Kazachstánu pro odborníky velkým překvapením. Dosavadní střediska domestikace hospodářských zvířat leží v oblastech, kde se lidé začali živit zemědělstvím. Například oblast „úrodného půlměsíce“ mezi Středozemním mořem a Perským zálivem dala světu nejen domácí skot, ovce a kozy, ale také pšenici a další významné zemědělské plodiny. Lidé botajské kultury se živili lovem zvěře a sběrem planě rostoucích rostlin. Zakládání „koňských farem“ by od nich čekal jen málokdo. Dávní obyvatelé Kazachstánu žili dlouho jako nomádi. Kočovali za stády divokých koní, jež lovili pro maso a kůže. Před 5 500 roky se lidé botajské kultury usadili, vybudovali velké osady z domů zahloubených v zemi a začali chovat koně. Příčina této radikální změny životního stylu není jasná.
„Domestikace koně představovala v historii lidstva významný milník,“ říká Alan Outram. „Je to podobný předěl jako vynález kola.“
Kůň byl prvním suchozemským dopravním prostředkem. Díky koním bylo možné obchodovat na velké vzdálenosti. Zvětšil se také dosah ozbrojených konfliktů a expanzí.