Nejstarší nálezy pozůstatků koster neandrtálců jsou staré více než 1,3 miliónu let. Nejvíce jich je z doby ledové před 74 000 lety, některé pak z doby před třicetitisíci lety, kdy definitivně vymřeli. Podle vědců by mohlo být kosterních nálezů dost na to, aby se ze zbytků zachovalé DNA podařilo sestavit celý genom. První hrubé přečtení neandrtálského genomu by mělo být hotovo do dvou let.
Při určování pořadí starobylých zbytků DNA se postupuje tak, že se nepatrné zachované úseky molekuly DNA nejprve namnoží. Používá se k tomu technika, kterou vědci poprvé použili v roce 1984 při rekonstrukci genomu vyhynulé zebry kvaga. O něco později byla metoda úspěšně použita při luštění DNA egyptských mumií. Jde o využití enzymu polymerázy, která dokáže v prostředí, kde je dostatek stavebních kamenů (nukleotidů), poskládat podle nabídnuté předlohy (v našem případě rozpadlé kousky DNA neandrtálce), jejich přesné kopie. Mnohonásobným opakováním cyklu se teoreticky z jediné molekuly DNA dá připravit neomezené množství shodných kopií. Na větším množství takového materiálu pak teprve lze zahájit „čtení“ genetického kódu, což není nic jiného, než zjišťování pořadí jednotlivých bází, jak jdou v molekule DNA za sebou.
Vedoucí projektu Dr. Pääbo z Lipska nebude pracovat sám. Hodlá využít bohatých zkušeností Američanů, kteří se jako první pustili do čtení genomu člověka (projekt HUGO). Při řešení tohoto nejdražšího biologického projektu všech dob získali Američané zkušenosti, které se jim nyní úročí v tom, že jejich technologie jsou nejlepší na světě a umožňují celý proces čtení genetického kódu automatizovat a značně urychlit. Německá strana bude projekt financovat a aby se daly výsledky získat do dvou let, budou ke čtení používat technologii firmy 454 Life Sciences Corporation ze státu Connecticut.
Zatím se dělaly pokusy se čtením mitochondriální DNA neandrtálců. Té jsou v každé buňce tisíce a tak je snadnější ji ve fosíliích najít neporušenou. Z výsledků získaných z mitochondriální DNA neandrtálců vyplynulo, že se s kromaňonci neženili a nevdávali. Článek na toto téma vyšel na Oslu zhruba před rokem („Měli jsme sex s neandrtálci?“).
Mitochondriální DNA tvoří z celkového genomu asi jen 0,001 procenta. S pomocí techniky vyvinuté firmou 454 Life Sciences Corporation, se nyní vědci chtějí pokusit získat a přečíst jadernou DNA. Dostatek DNA k rozboru jim mají poskytnout kosterní pozůstatky již zmíněné fosilie z údolí německé řeky Neander a zachovalé kosterní pozůstatky Neandrtálců z Chorvatska, které jsou 38 000 let staré.
Nebude to jednoduché, stačí si uvědomit, že DNA v tisíce let starých vzorcích, je kontaminována cizí DNA, například bakteriální DNA a DNA pocházející z plísní. Pravděpodobná je i o kontaminace lidskou DNA, kterou na kostech neandrtálce zanechali vědci, kteří nalezené pozůstatky brali do svých rukou. I kdyby k žádné kontaminaci nedošlo, je DNA neandrtálců ve stavu rozpadlém na krátké úseky.
Vědci již přečetli genom nejbližšího žijícího příbuzného člověka – šimpanze. Z celkových třech miliard písmen genetické abecedy (A = adenin, G = guanin, C cytozin, T = tymin) se od šimpanzů lišíme „jen“ ve 35 milionech písmen. Aby vědci nahrubo přečetli genom neandrtálce o délce 3 miliard písmen, budou muset přečíst útržky představující zhruba 60 miliard písmen. Z toho se teprve bude moci dát původní genom „dohromady“ a také zjistit, čím se od nich lišíme. Mělo by nám to pomoci také pochopit jak probíhala evoluce a možná i to, co vyhynutí neandrtálců způsobilo.