Během poslední doby ledové se na Japonské ostrovy dostali předkové dnešních Ainů. Přišli sem pravděpodobně pevninským spojem mezi Asií a ostrovem Sachalin a dále přes ostrov Hokaidó. Před 12 tisíci lety začaly ledovce tát, světový oceán stoupal a isoloval Ainy na Japonských ostrovech. Ti zde vytvořili unikátní kulturu zvanou Jomon. Jako první na světě začali používat keramické nádoby. Nejstarší keramika Jomon byla vytvořena před 12 700 lety na jihu Japonska.
Zde je třeba poznamenat, že nejstarší keramikou vůbec jsou pálené sošky moravského pavlovienu, které jsou staré více než 30 000 let – to ovšem nejsou nádoby.
Nález keramiky Jomon je opravdovou archeologickou „bombou“, protože doposud se spojoval vynález keramiky s nástupem zemědělství na předním východě před 8000 lety. Ainové však zemědělství neprovozovali (alespoň se o tom dodnes nepovedlo nalézt žádné doklady). Živili se lovem a sběrem plodin. Nenašly se ani žádné doklady o nějakém jejich správním či kulturním centru.

Nejstarší úlomky keramických nádob na světě - keramika Jomon. Pramen: www.archaeology.co.uk/ cwa/issues/cwa1/cwa1.htm.

Před 6000 lety se na jihu Japonska začaly objevovat pra-austronéské národy, které v té době prožívaly velký rozmach. I když do genetické skladby původních japonských obyvatel příliš nezasáhly, měly jistý kulturní vliv a zřejmě ovlivnily i jazyk jihojaponských ainů. V té době už v Číně vznikaly první mocné říše, v Japonsku se však stále žilo na úrovni doby kamenné. Zlom nastal až před 3000 lety, kdy z jihu začínají pronikat první zemědělci z Koreje. Tehdy lovce kultury Jomon vytlačují pěstitelé rýže. Před 2500 lety začíná populační exploze a nastupuje kultura Jajoi. Ta prosazuje i svůj nový jazyk, kterým už je starověká forma dnešní japonštiny.

Japonci mají dnes zhruba ze čtvrtiny genetický původ právě u Ainů, zbytek pochází z Koreje. (Po Ainech zdědili Japonci výraznější růst vousů oproti jiným asiatům) Jejich jazyk je však od Korejštiny vzdálený více než předpokládaných 2 000 - 3 000 let. Tuto nesrovnalost vysvětluje podrobnější pohled na nejstarší dějiny Koreje. Před sjednocením Koreje královstvím Silla před 1300 lety existovala na tomto poloostrově mnohem pestřejší jazyková mapa a právě v jižní království Koguryo se mluvilo jazykem velmi podobným staré japonštině. V japonštině lze nalézt také drobný vliv austronéských jazyků.

Ainuský šaman.

Dnes žije pouze několik tisíc Ainů na nejsevernějším ostrově Hokaido, jen pár desítek jich však mluví svým jazykem. Jejich genetický původ sahá až do doby před 50-60 000 lety, kdy jejich předci pronikali jako první z Afriky až do chladné střední Asie. Geneticky nejbližší příbuzní žijí v malém východosibiřském národě Gilyak, který dnes čítá pouze 400 lidí. Vývojová vzdálenost mezi jazykem ainu a gilyak je mnohem větší než 10 000 let.