Delta na snímku do rodinného alba. Kredit: Jason Roberts / Doherty Institute.

Před pár týdny by to sotva kdo tušil, ale dnes už lze brát výzkum kolem covidu spíše jako povyražení od překotného vývoje událostí v úplně jiném směru. Tým australského institutu Doherty Institute nedávno analyzoval vznik nových variant pandemického koronaviru SARS-CoV-2 a rychlost, kterou tato potvora mutuje. Ohromné množství dat o pandemických genomech dovoluje analyzovat podobné věci v takovém rozsahu, o jakém se nám předtím ani nesnilo.

Sebastian Duchene.

Kredit: Doherty Institute.

Sebastian Duchene a jeho kolegové zjistili, že pandemický koronavirus podle všeho prochází lokálními a dočasnými „erupcemi“ mutací, kdy se jeho mutační rychlost významně zrychlí. Pak se zase vše vrací k normálu, tedy obvyklé, poměrně ucourané rychlosti mutací, která je pro koronaviry typická.

Podle Ducheneho viry obvykle mutují konstantní rychlostí, čemuž odpovídá i vznik nových variant či kmenů. Nicméně, u variant viru SARS-CoV-2 jsme svědky toho, že u nich naskakují mutace jako akné v pubertě. Mnohem rychleji, než by měly při normální rychlosti evoluce u koronaviru.

Duchenenův tým detailně analyzoval stovky sekvencí genomů různých variant původce covidu-19, aby poodhalil mechanismy, které doprovázejí jejich vznik. Soustředili se přitom na čtyři výrazné varianty před příchodem omikronu, tedy alfu, betu, gamu a deltu. Původně si odborníci mysleli, že SARS-CoV-2 celkově zvyšuje rychlost mutací. Ukazuje se ale, že to jsou jen dočasná zrychlení. Jako když v pekelném pandemickém autě občas dupnete na plyn.

Logo. Kredit: Doherty Institute.

Zatím není úplně jasné, proč a jak k těmto zrychlením mutační rychlosti dochází. Podle Ducheneho za tím může být řada faktorů, které navíc mohou působit současně. Mluví se o intenzivním působení přírodního výběru ve prospěch úniku před imunitou hostitele, vlivu masivního šíření viru mezi neočkovanými hostiteli nebo o extrémně dlouhých infekcích u lidí s pochroumanou imunitou.

Výzkum každopádně pokračuje. Badatelé zdůrazňují, že kvůli jejich výsledkům ještě více roste význam intenzivního průzkumu sekvencí a čtení genomů (a testování, samozřejmě). Včasná výstraha je nejlepší a nejlacinější zbraní proti novým variantám covidu-19. Kdybychom například detekovali a analyzovali omikron ve chvíli, kdy se vyskytoval jen u pár lidí, nemusel se vůbec rozšířit. Je lepší vlnu zaříznout v počátku, než se pak belhat za ní a sčítat nemocné s mrtvými.

Video: MIG webinar - Sebastian Duchene - 8th May 2020

Literatura

Doherty Institute 25. 2. 2022.

Molecular Biology and Evolution 39: msac013.