Navzdory neustálým výzvám domácích i zahraničních odborníků naše administrativa neustále bohorovně ignoruje čtení sekvencí pandemického koronaviru, které je nezbytné pro monitorování šíření variant covidu. Přitom se stále častěji ukazuje, jak zásadní a důležité čtení sekvencí je a to nejen pro proklatý koronavirus SARS-CoV-2. Množí se objevy, které přispívají k pochopení celkové situace a mohou být i varováním do budoucna.
Mezinárodní tým v těchto dnech ohlásil pozoruhodný a zároveň mrazivý objev sekvencí řady virů, které je možné hodnotit jako potenciální hrozby, včetně doposud neznámých koronavirů. Nejsou ale vytažené z netopýrů či nějaké podobné havěti, nýbrž z přečtených rostlinných a živočišných genomů ze zemědělských laboratoří ve Wuchanu a dalších čínských městech.
Kdo kdy přičichl ke čtení rostlinných genomů, tak jistě tuší, jak hrozná je to práce. Genomy rostlin a obzvláště pěstovaných plodin jsou až barbarsky ohromné. Obvykle je to sisyfovský úkol. Zároveň není divu, že se při takovém masivním čtení do sekvencí přimotá spousta kontaminací, které mohou pocházet například ze souběžných projektů v dané instituci.
Daoyu Zhang, u něhož je nezvykle uvedené namísto instituce „independent genetics researcher“, a jeho kolegové prohledali genetické sekvence plodin, jako je rýže a bavlna, a také živočichů, jako je myš, které zveřejnily čínské zemědělské laboratoře v letech 2017 až 2020. Vytáhli z nich celé genetické sekvence známých i řady doposud neznámých virů. Vedle viru japonské encefalitidy JEV, tam byly neznámé koronaviry ze skupiny merbekovirů, například „HKU4-related Merbecovirus“, což je potvora dost blízká MERS, a také betakoronavirů, jako „HKU3-related Betacoronavirus“ nebo „SARS-WIV1-like Betacoronavirus“, tedy koronavirus nepříjemně blízký SARS.
Je to skutečně nečekaná záležitost. Rozhodně to nijak nenaznačuje, že by pandemický virus byl uměle vytvořený. Tomu věří opravdu jen hlupáci. Ani to nenaznačuje, že by Číňané nějak záludně manipulovali s koronaviry, a snažili se ohrozit celý svět. Ale odkrývá to doposud neznámé riziko, se kterým nikdo moc nepočítal. Zemědělské laborky, které čtou rýži nebo bavlnu, nejsou nijak zvlášť zabezpečené. Ani si nejspíš nijak extrémně nehlídají, co se dostane dovnitř nebo ven.
Zatím není vůbec jasné, že by se pandemický virus dostal mezi lidi touhle cestou. V neposlední řadě jde o pouhý preprint, který doposud neprošel recenzním řízením. Čtenáři si mohou snadno dohledat, že inkriminovaná zemědělská laboratoř ve Wuhanu funguje na Huazhong Agricultural University, jejíž areál je cca 20 km vzdušnou čarou od neblaze proslulého tržiště Huanan Seafood Wholesale Market, které sice nejspíš nebylo původním zdrojem, ale zasloužilo se o rozšíření pandemického viru. Přesto si ale lze jen obtížně představit, jak se člověk nakazí koronavirem z rýže nebo bavlny. Zásadním sdělením nicméně je, že v Číně je podle všeho celá krajina doslova prosáklá šíleným ekosystémem genomů koronavirů, jejichž evoluce neustále běží. Je nejspíš jen otázkou času, kdy se objeví další problém. Musíme být připraveni, snad lépe, než jsme byli teď.
Literatura
Původ nepřítele: Kde se vzal virus SARS-CoV-2
Autor: Stanislav Mihulka (19.03.2020)
Kde se vzal covid-19: Evoluční původ pandemického koronaviru
Autor: Stanislav Mihulka (01.08.2020)
Nová nebezpečí z bažin covidových přízraků
Autor: Stanislav Mihulka (19.01.2021)
Boj s variantami: Má mutování covidu vůbec nějaké hranice?
Autor: Stanislav Mihulka (11.02.2021)
Diskuze:
Kontaminace
jaroslav mácha,2021-04-10 22:38:50
je to, co připisují svým výsledkům autoři.
In addition, our characterization of infectious clone sequences has revealed that not
only does WIV possess samples of unpublished viruses, they are also actively
manipulating such viral sequences via the construction of infectious clones and
potential genetic engineering of such clones, as discovered here, without disclosing
the backbones used to construct such clones to the international scientific communit
Kontaminácie
Zicho Trenčiansky,2021-04-08 14:01:00
Robím vo firme, ktorá robí genetické prenatálne testy, ktoré o.i. určujú pohlavie plodu podľa prítomnosti zvyškou Y chromozómu v krvi matky. Z toho dôvodu majú muži zákaz vstupu do niektorých miestností, inak by hrozila kontaminácia vzorkou ich Y chromozómom a nesprávne určenie výsledkov.
Preto tvrdiť, že v nezabezpečnom labáku v meste, ktoré bolo epicentrom koronavírovej infekcie, našli kusy sekvencií pri sekvenovaní ryže môže rovnako dobre znamenať, že si kontaminovali vzorky, či už pri odbere alebo spracovaní.
Tak isto je vyslovená drzosť od autora povedať, že toto je dôkaz, že ľudia ktorý tvrdia, že vírus bol umelý vytvorený, sú hlupáci. Za hlupáka tým označil aj držiteľa Nobelovej ceny.
Re: Kontaminácie
Václav Dvořák,2021-04-08 15:04:49
On ale netvrdil, že lidi co tvrdí, že virus je umělý, jsou hlupáci. Pořádně a v klidu si přečtěte, co tam bylo napsané. Bylo to o tom, že ti lidé "věři", tj. že hlupáci jsou ti, kteří mají tendenci (bezmyšlenkovitě) něčemu věřit (co se jim hodí, vzhledem k orientaci, sentimentu, pol. názoru). A to je sakra rozdíl ! Věřit X vědět !
Re: Re: Kontaminácie
Fabián Litoucký,2021-04-08 15:12:28
Takže ti co tvrdí, že virus je uměle vytvořen, hlupáci nejsou, ale ti co jim věří ano?
Re: Re: Re: Kontaminácie
Václav Dvořák,2021-04-08 16:53:16
Pokud to mají podložené argumenty, tj. mohou to dokázat ! Jinak ta tvrzení jsou jen vyslovené hypotézy. Ti co ale věří hypotézám v tom smyslu, že se jednoduše domnívají, že jde o pravdu, jsou už bohužel hlupáci, to ano.
Re: Re: Re: Re: Kontaminácie
Fabián Litoucký,2021-04-08 18:50:07
Dokázat můžete něco jen v matematice. Ve vědě to nejlepší čeho můžete dosáhnout je teorie.
A tady nejde ani o matematiku, ani o vědu.
Hlupáci jsou tedy podle vás úplně všichni, protože to o ničem jiném než o "víře v hypotézy" není - že roušky a opatření pomáhají je stejná víra jako že je to k ničemu.
Re: Re: Re: Re: Re: Kontaminácie
Václav Dvořák,2021-04-09 15:16:36
To ani nebudu komentovat, každý ať si sám udělá obrázek...
Re: Re: Re: Re: Re: Re: Kontaminácie
Jan Mimránek,2021-04-11 23:06:42
Není zajímavé, že virus údajně unikl z rybího trhu ve Wuhanu, kde se netopíři nikdy neprodávali a jejich kolonie nežily, zatímco se tam nachází laboratoř, která se netopířími viry zabývala (prokazatelně) a jsou v ní zainvestované i západní subjekty a spolupracovali s osobami jako slavný Dr. Fauchi?
"1st documentary movie on the origin of CCP virus, Tracking Down the Origin of the Wuhan Coronavirus"
[ Crossroads with JOSHUA PHILIPP, The Epoch Times, https://www.youtube.com/watch?v=Gdd7dtDaYmM]
Dokument je snad první, tedy "starý, ale za to "dobový".
------------------------------------------------------
Sluší se uvést, že autor, byť zkušený novinář, je podporovatelem Falun gong, která je v Číně pronásledovaná a své anitipatie k režimu neskrývá
Re: Re: Kontaminácie
Jan Novák9,2021-04-08 16:49:37
A co ti co VĚŘÍ že virus nebyl uměle vytvořen?
Proč si tedy Čína nechala rok na úklid a pak nespolupracovala?
Navíc to že virus nebyl uměle vytvořen (jako že asi nebyl) pořád nemusí znamenat že mu nebylo pomoženo, ať už úmyslně nebo neúmyslně. Pokud vím tak na začátek vyšetřování se muselo čekat celý rok a se spoluprací je spokojený jedině zástupce instituce pro kterou Wuhanský institut před tím pracoval.
Jestli je něco prokázáno, tak to je že Čína se nenechá nijak vyšetřovat a data sdílet nebude.
Wuhanský institut před vypuknutím epidemie dostal $600 000 na výzkum netopýřích koronavirů, s cílem:
Aim 3. In vitro and in vivo characterization of SARSr-CoV spillover risk, coupled with spatial and phylogenetic analyses to identify the regions and viruses of public health concern. We will use S protein sequence data, infectious clone technology, in vitro and in vivo infection experiments and analysis of receptor binding to test the hypothesis that % divergence thresholds in S protein sequences predict spillover potential. We will combine these data with bat host distribution, viral diversity and phylogeny, human survey of risk behaviors and illness, and serology to identify SARSr-CoV spillover risk hotspots across southern China.
Re: Re: Re: Kontaminácie
Václav Dvořák,2021-04-08 16:55:57
To je dobrá otázka, na to můžu říct jen, že nevím. Nebudu se uchylovat k víře... Je třeba tlačit na Čínu, aby informace zveřejnila, anebo to dál zkoumat. Ale nemůže to přece být zástupný důvod k tomu, šířit konspirační teorie, to fakt ničemu nepomůže (maximálně jen nějakým postranním politickým zájmům).
Fabián Litoucký,2021-04-08 12:30:29
"Zásadním sdělením nicméně je, že v Číně je podle všeho celá krajina doslova prosáklá šíleným ekosystémem genomů koronavirů, jejichž evoluce neustále běží. Je nejspíš jen otázkou času, kdy se objeví další problém."
To není problém, tomu se říká příroda a je to úplně normální.
Jediný problém je, že aktuální panika naprosto přehlušuje jakýkoliv hlas zdravého rozumu, takže i věci jinak přirozené a běžné, jsou náhle existenčně ohrožující.
Re:
Václav Dvořák,2021-04-08 13:29:08
Anebo to může být tak, že jsme jako civilizace zatím měli "štěstí". Ale taková situace nemusí trvat donekonečna...
Stačilo například, kdyby před dejme tomu 3000 lety dopadl větší asteroid a o takových věcech si tady nepovídáme :)
Re: Re:
Fabián Litoucký,2021-04-08 15:13:45
Bohužel nerozumím, co jste chtěl sdělit. Má váš příspěvek nějakou pointu nebo vztah k tomu, co jsem psal?
Re: Re: Re:
Václav Dvořák,2021-04-08 16:49:39
Narážel jsem hlavně na tu paniku.
Až doteď toto nebezpečí nikdo nebral vážně celá léta, i když na to odborníci pravidelně upozorňovali. Až když jsme v průšvihu, tak se něco začalo dít a někteří to zase začínají přehánět opačným směrem. Obojí je problém, přitom stačilo být v minulých 20 letech více obezřetní a počítat s riziky.
Totéž se může týkat například asteroidů, až do Čeljabinské údálosti se nevěřilo, že by takové nebezpečí bylo reálné. Až teprve pak se začaly přepočítávat tabulky a provedla se korekce. A takových oblastí je více, např. změna klimatu. Obecně, dělat potřebná opatření ex post je pozdě a stojí to pak obrovské peníze a úsilí.
Re: Re: Re: Re:
Fabián Litoucký,2021-04-08 18:52:50
Jediný průšvih je ten, že tady jsou panikáři, které naneštěstí někdo začal brát vážně.
Máte to skutečně dost pomotané.
Re: Re: Re: Re: Re:
Václav Dvořák,2021-04-08 19:38:38
Co není teoreticky vyloučené je možné a může se kdykoli stát. Myslíte, že vám pravděpodobnost s obrovským počtem nul vepředu dává jistotu ?
Re:
Jarda Ticháček,2021-04-08 22:00:23
On to asi nebude problém pouze Číny. Mám pocit, že kdyby si někdo dal tu práci a udělal to samé se vzorky z Okresní hygienické stanice v Trutnově, nebo s bylinkami z farní zahrady ve Wildalpenu, dospěl by ke stejnému závěru.
oné
Jan Mrkvicka,2021-04-08 09:24:40
"Rozhodně to nijak nenaznačuje, že by pandemický virus byl uměle vytvořený. Tomu věří opravdu jen hlupáci."
Že by zrovna hlupáci dokázali meniť sekvencie vírov? To sa mi nezdá.
Pár dotazů laika
Martin Prokš,2021-04-08 08:46:02
Dobrý den,
Jestli jsem článek dobře pochopil, tak říká, že v zemědělských produktech v Číně byly nalezeny DNA části které odpovídají různým známým i doposud neznámým virům. Napadá mě několik otázek:
- Předpokládám, že nejde o náhodnou shodu části genomu dané plodiny s částí viru, ale že jde o samostatnou kopletní DNA sekvenci - opravdu vir přimíchaný k plodině, neboli kontaminaci analyzovaného vzorku jak bylo naznačeno v článku. Je to tak?
- Pak to tedy znamená, že tyto viry se běžně vyskytují v přírodě či na zemědělských monokulturách v dané oblasti a dost pravděpodobně i mnohde jinde po světě kde jsem zatím nehledali. To by asi nebylo až zase takové překvapení, vždyť DNA světa okolo čteme teprve cca 20 let a v té záplavě zmatečných dat se vyznat a zatřídit je nadlidský úkol určitě ještě pro několik generací vědců.
- Pak jsem nepochopil jakou souvislost s tím má zabezpečení dané laboratoře. Jestliže vzorky s nebezpečnými organismy pochází z vnější oblasti a laboratoř je pouze identifikuje, pak nemá smysl bilogicky zabezpečovat laboratoř. Vzorky pochází z venku tak jako tak. Zabezpečovat by mělo smysl jen pokud by laboratoř dané viry zásadně množila, koncentrovala, nebo přímo uměle upravovala či vyvíjela. Ale k tomu tam asi nedochází. Asi.
Nicméně to nijak nesouvisí s otázkou, zda současná pandemie je ryze přírodního charakteru.
Re: Pár dotazů laika
Václav Dvořák,2021-04-08 12:56:26
Za mně dobré otázky, zejména ta třetí a budou mně zajímat případné odpovědi...
K druhé otázce dodám, že by bylo zajímavé provést takový výzkum v rámci Evropy a zjistit, jaká situace je v jednotlivých zemích. U nás sice není zase tak vysoká koncentrace obyvatelstva jako v Číně, ale jinak nevím, proč bychom se měli zásadně lišit. Ano liší se nejspíše úroveň hygieny, není to u nás sice "japonsko", ale oproti Číně nebo rozvojovým zemím bude o level výše. Apropos mám stále v paměti ten případ infekce "přátelskou" Ecoli v německých restauracích se zdravou stravou, to byl takový podobný případ "hygieny" při pěstování tuším pískavice na egyptském venkově !
Re: Pár dotazů laika
Z Z,2021-04-08 14:07:11
"Zabezpečovat by mělo smysl jen pokud by laboratoř dané viry zásadně množila, koncentrovala, nebo přímo uměle upravovala či vyvíjela. Ale k tomu tam asi nedochází. Asi."
Ale veď k tomu tam dochádzalo, laboratórium sa zaoberalo (aj) výskumom koronavírusov. Takže ak bolo zabezpečenie nedostatočné, mohla byť pravdepodobnosť nákazy v laboratóriu výrazne vyššia než v prírode.
"...pak nemá smysl bilogicky zabezpečovat laboratoř. Vzorky pochází z venku tak jako tak."
Takže keď trebárs môžu vzorky obsahovať žltačku, či iné vírusy či baktérie, tak nemá zmysel zabezpečovať laboratórium? Či ako treba chápať takú "logickú" úvahu?
Re: Re: Pár dotazů laika
Václav Dvořák,2021-04-08 15:08:32
Myšleno asi bylo tu část, která obsahuje běžné vzorky, odebírané pravidelně z lokalit. V každé laboratoři existují perimetry, kde jsou skladované běžné vzorky, nějaké infekční a nějaké nebezpečné atd. Mezi nimi jsou pochopitelně řádové rozdíly nejen v nebezpečnosti/infekčnosti a podle toho se dělají opatření.
Re: Re: Pár dotazů laika
Martin Prokš,2021-04-08 15:28:28
Dobrý den,
Jak jsem psal, jsem laik (technik - strojař), nicméně Vaše úvahy jsou zcela odtržené od obsahu článku a zcela jej zkreslují. V článku se píše o několika zemědělských laboratořích, které provádějí genetický výzkum plodin a živočichů. A někdo vzal jejich publikace v rozsahu let 2017-2020 a podíval se na ně, jestli v tom neuvidí i další důležité genetické sekvence, na které se původní výzkum nesoustředil. A bingo našel, včetně zcela nových doposud neznámých.
Úroveň zabezpečení laboratoří bude odpovídat tomu čím se zabývají a s čím s přichází do styku a co očekávají že potkají. A to že tam někdo našel i další věci neznamená, že by je tam cíleně zkoumali jak podsouváte.
Re: Re: Re: Pár dotazů laika
Jan Novák9,2021-04-08 16:59:46
To teda cíleně zkoumali a dostali na to grant 600000 dolarů od Američanů. Ve Wuhanu zkoumali přímo pokusem přenos netopýřích koronavirů na lidské tkáně.
Napřed vybrali viry které mají nejvyšší potenciál k přenosu, ty namnožili a zkusili jestli nakazí lidskou tkáň. To je v zadání grantu.
Jestli tohle není nebezpečné tak mi řekněte co je.
Linky:
https://www.nationalreview.com/news/hhs-board-never-approved-wuhan-institute-of-virology-research-grant/
https://reporter.nih.gov/search/ZBjgKIfaCUyvJmxyKyn6xg/project-details/9819304
Re: Re: Re: Re: Pár dotazů laika
Roman Sobotka,2021-04-08 18:29:14
Pasazovanim se CoV2 asi nevytvoril. Klicova je inzerce 12 bazi (furin stepne misto), to se jen tak nevytvori tim, ze testujete afinitu viru k povrchu bunek. To neni zadna bodova mutace. Navic mohli testovat pouze rekombinantni S-protein, z toho abstraktu to neni jasne. Ty penize jsou docela male i na ceske pomery (na Cinu velmi maly projekt). Mozna tak neco osekvenovali a udelali par experimentu, nic na dlouhe roky.
Pokud vas opravdu puvod toho viru zajima, tady je asi nejlepsi vedecky prehled, co se ted konkretne vi (mozny laboratorni puvod se take diskutuje, vyloucit to nelze):
https://link.springer.com/article/10.1007/s10311-020-01151-1
Resi tam i ten nastastny vyrok Luc Montagniera, podle me ulet stareho pana. Podobnost mezi S proteinem CoV2 a HIV je opravdu nijaka.
Re: Re: Re: Re: Pár dotazů laika
Mirek Sintak,2021-04-08 21:23:47
Oba odkazy jsou na časopisy: ani jeden neni seriózní zdroj. To je jako se odvolávat na články v příloze Parlamentních listů nebo Expresu. Dokonce ani údaje na reporter.nih.gov nejsou jejich, ale odvolávaji se na rozhovor v Daily Calleru (citace z Wiki : The Daily Caller has published false stories on multiple occasions...)
Že je virus umělý - zkuste to jinak...
Ideálne prostredie
Pavel Gašperík,2021-04-08 07:18:36
pre vznik konšpiračných teórií , ktoré ťažia z nemožnosti ich dokázať alebo vyvrátiť vedeckou analýzou . Čo na druhej strane neznamená , že aj konkrétne vedecké dôkazy môžu ostať utajené zámerne , napríklad zo strategických dôvodov ...
Pavol Hudák,2021-04-08 07:09:27
Dnes dokaze AI na zakladne ucenia sa na inych prikladoch vyprodukovat veci, ktorym clovek sice nechapu, ale funguju. Preco si dnes stale niekto mysli ze je nemozne nadizajnovat nejaku komplexnejsiu zmenu v prirodnom vire? Preco si niekto mysli ze cina ktora sa hrabe na svetoveho lidra nerobi v uplne vsetkych oblastiach vedy?
Re:
Roman Sobotka,2021-04-08 08:36:08
To neni moc plodna uvaha, protoze analogickym zpusobem lze 'vysvetlit' kazdou globalni udalost od zemetreseni po tsunami, ci horecku Dengue. Mocnosti maji tajne laboratore, vladnou uplne novymi technologie atd. K pouziti AI na design viru by teoreticky bylo treba velke mnozstvi vstupnich dat, jako jsou presne atomarni struktury povrchovych proteinu z ruznych variant koronaviru, struktury povrchovych receptory lidskych bunek v interakci s virem, namapovani dalsich proteinovych interakci behem virove infekce atd. Nic takoveho neexistuje, nejvice se toho vim o SARS-CoV2, a to z posledniho roku. A to jen diky extremniho usili stovek laboratori. I tak si myslim, ze i s hypotetickou pomoci AI je sance 'trefit' konkretni kombinaci mutaci pomerne mala, moznosti je proste extremne vysoke cislo. Trochu to pripomina situaci kolem HIV, kdy se verilo (a porad veri..), ze americane vyrobili vir v laboratori na konci 70 let, tedy v dobe, kdy byl vrcholny vykon spickove vedy slepit dva kousky DNA k sobe. Nikdo nema problem s tim, ze v prirode vznikaji neustale nove varianty viru, ale pandemicke nekdo musi vyrobit.
Re: Re:
Zicho Trenčiansky,2021-04-08 13:15:29
Tak zrovna tá "výroba HIV v laboratóriu" v tej dobe nebola o lepení, ale o kontaminácií polio vakcíny opičím vírom, keďže sa kultivovala na opičích bunkách. Ale vraj to bolo vyvrátené. Ale zase pri tom vyvracaní sa vraj zistilo, že tá vakcína bola kultivovaná na iných opiciach, ako pôvodne tvrdili. Čo môže znamenať aj to, že ich niekto vymenil v archíve.
Re: Re: Re:
Roman Sobotka,2021-04-08 16:33:27
Na Internetu najdete nepreberne varianty konspiraci na tema HIV. Klasicka konspirace uz z 80 let tvrdi, ze je to produkt vyvoje v tajnych laboratorich CIA, protoze tajne sluzby jsou ve vyzkumu 50 let napred atd. Nebo je to produkt Pharma firem (popularni teorie v Africe). Nekde v polovine 90 let objizdel ustavy AVCR jakysi nadsenec prednasejici o tom, ze zadny HIV virus vubec neni a AIDS zpusobuje vlastni lecba AIDS (take dabelsky plan Big Pharma) atd atd.
Vznik HIV pres polio vakciny je hypoteza az z 90 let, naprosto nepodlozena, a je to nesmysl i z biologickeho hlediska, simpanzi SIV je prilis odlisny od HIV.
https://www.historyofvaccines.org/content/articles/debunked-polio-vaccine-and-hiv-link
Re:
Václav Dvořák,2021-04-08 13:25:11
Nemůžou jednoduše nadesignovat evoluci, protože ta jejich "laboratorní" mutace by musela být úspěšná v darwinovském souboji s mutacemi přírodními. Takže upravit to můžou, ale je otázka, jak by to bylo úspěšné v přírodě jestli by se to "chytlo". Ale věřím tomu, že kdyby to dělali záměrně, dlouho a ve velkém měřítku, nechali soupeřit různé mutace, nebo jim vytvářeli ideální podmínky, že by se něco mohlo podařit, to ano. Museli by na to věnovat obrovské prostředky a časem by se to profláklo, protože by se na takovém projekt muselo podílet víc špičkových vědců a to nejde bez určité komunikace navenek.
Na druhou stranou je tak nějak jasné, že nanotechnologie jdou dopředu a že pomalu dochází ke stírání hranic mezi bio-nano/chemickou oblastí a mezi IT hw/sw nano oblastí, tj. návrhem elektroniky nebo pohonů nebo jiných mechanických záležitostí (nástroje manipulace s atomy, motorky tvořené z atomů atd.). Vzhledem ke kapacitě genomu např. obyčejné pšenice by bylo zajímavé využít ho jako obrovskou operační (memex) paměť. Teď jen k tomu dodat mikrokontrolér a máme živý, na naší úrovni komunikující biomateriál. Nějaký RISC-based procesor na 3nm procesu by nemusel zabrat větší velikost než 150nm kulička koronaviru (apropos existují i jednoduché procesory fungující na pneumatickém, případně čistě optickém principu - vyvinuté z důvodu odolnosti vůči EMP, pro základní systémy vojenských zařízení - jsou veliké, ale chci tím říct, že by to nutně nemuselo být na křemíku, ale třeba na ionto-mechanické bázi). Raději to nechci domýšlet do vzdálenější budoucnosti a všech důsledků, např. v souvislosti s AI, protože by z toho vycházel dost rozporný výsledek. Na jednu stranu je to pro nás nutné a užitečné, na druhou to přináší další neviděné hrozby a nebezpečí...
Re: Re:
Jarda Ticháček,2021-04-08 21:49:22
Omlouvám se, ale patrně jste tu operační paměť nemyslel doslova. Ta musí být dost rychlá. Což zápis do DNA zcela jistě nikdy nebude, se čtením to bude podobné. Snad by se dalo uvažovat o DNA jako o trvalém úložišti uceleného souborů dat u kterých nelze předpokládat změny v budoucnosti. Tedy jako ROM. Ale sakra velikou.
Re: Re: Re:
Václav Dvořák,2021-04-09 15:22:45
Ano. Ale existuje něco jako cache, ta by se jistě dala realizovat na té umělé části.
Nad čtením jsem také přemýšlel, možná by fungovalo optické čtení, kdy by se jednotlivé části takto uloženého kodu prosvítili směrem k centrálnímu čtecímu senzoru, případně by to šlo rozdělit na sektory po kilobázích. Šlo by jen o krátké pulzy.
Re: Re: Re:
Václav Dvořák,2021-04-09 15:37:03
Doplním, že dnes velmi oblíbený mikrokontrolér ESP32 má v základu v sobě 4MB flash paměti a tuším 256kB rychlé RAM. V takovém zařízení pak může běžet, kromě jednoúčelových programů i plnohodnotný speciální real-time operační systém RTOS.
Ale jsou i další mikrozařízení, jejichž velikosti paměti jsou řádově menší ale stále mohou plnit spoustu činností, sběr dat, obsluha jednoduchých zařízení, síťový provoz atd. (takové opravdu malé, ale kompletní, běžně dostupné má dnes velikost vnitřku usb konektoru, do kterého se strká, např. Seeduino Xiao). Samotný čip bez wifi/bt antény by se vešel na špendlíkovou hlavičku. To je sice stále moc veliké, ale jen proto, že se to vyrábí pro dané účely a na vyšších nanometrech (typicky 128nm), kvůli ceně a vlastně i proto, že není potřeba to zmenšovat. Zařízení mají možnost sleep režimu, kdy je spotřeba v rámci mikroampérů s možností probouzení pro sběr dat v určitých intervalech, pak vydrží v provozu na baterky měsíce nebo roky...
Re: Re: Re: Re:
Jarda Ticháček,2021-04-09 19:31:22
Jenže jsme znovu u té rychlosti. Ta cache je tam proto, že paměťový řadič té RAM je pomalý (relativně), a ještě k tomu je dost daleko od toho procesoru. Takže ta cache je o dost rychlejší. Problém s DNA coby datovým úložišťem je právě v té rychlosti. Při ukládání dat by musela být vyráběna bit za bitem, nebo sekvence po sekvenci. A to je a s největší pravděpodobností vždy bude na dlouhé lokte. I to čtení nebude nikdy zcela rychlé. Ten zápis je ze své podstaty lineární, podobá se spíše magnetickému pásu, nežli jakémukoliv jinému způsobů ukládání dat.
Re: Re: Re: Re: Re:
Václav Dvořák,2021-04-09 22:51:44
Ta rychlost čtení té obrovské ROM paměti není vůbec podstatná, berte to prostě jako library, do které máte pomalý přístup asi tak jako páskových pamětí v obrovských datacentrech... dále jsem psal, že by to bylo možné urychlit rozdělením na části, které by se četly paralelně. Ale vlastně o to nejde. Pro běžnou práci by stačila ta operační paměť/flash cache, většina úkolů není časově kritická. Co se týká zápisu, to je samostatná otázka, ale věřím, že nějaké řešení jak to kódovat by se našlo.
Re: Re: Re: Re: Re: Re:
Jarda Ticháček,2021-04-12 12:40:51
Jak jsem už psal, souhlasím s tím, že pro dlouhodobé ukládání velkých souborů dat, u kterých už není potřeba nic měnit je to zajímavá myšlenka. Ale jako cache, nebo RAM je to nepoužitelné, a patrně vždy bude. Problém je právě v rychlosti zápisu. Nějaké kódování není problém. To se dá vymyslet skoro na fleku. Problém je se zápisem. Ten by musel probíhat chemickou cestou. Ten kód by musel někdo nějak syntetizovat. Druhou variantou by bylo vzít již hotovou sekvenci a její jednotlivé části použít jako mistr, který by něco konkrétního znamenal. Ale to naráží na to rychlost čtení. A na potřebu mít nějakou překladovou knihovnu. V podstatě stejně velkou jako původní data po nějaké kompresi. Takže vlastně k ničemu.
Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re:
Václav Dvořák,2021-04-12 16:04:43
Tak ten zápis zatím neumíme, ale jak jsem psal, myslím, že by to nemuselo ani být zapotřebí. Co se týká čtení, pokud to dokáže buňka, proč by to neměl zvládnout nějaký technický prostředek? Který by k tomu mohl využít i prostředky té buňky samotné. Rychlost přitom není podstatná, právě proto, že vše rychlé by bylo řešené elektronickou částí. Dovedl bych si představit, že pro provoz této elektronické (umělé) části by se využilo sluneční záření, a v noci na udržení základních funkcí během deepsleepu rádiové pozadí.
Nedávno vyšel článek, teď nevím jestli tady nebo jinde, o objevu polovodičů realizovaných na grafitu, kde by rychlosti a spotřeba energie byly zase řádově nižší než u křemíku. To by znamenalo rychlejší i konstrukčně jednodušší elektronickou část včetně pamětí atd.
S tou potřebou překladu z DNA šroubovice jsem to moc nepochopil. Jsou tam jen 4 základní písmena tj. stavy konkrétního paměť.místa, takže v takovém 4 bitovém kódu by se dalo jednoduše, v nevyužité části DNA, zakódovat cokoli. Běžné MLC flash paměti těch stavů můžou mít i více a funguje to... Čili na začátku jen zapsat potřebný kód - ten by se do konkrétní DNA mohl jednorázově vložit, do rostlinné buňky - nějakou biomanipulační metodou. Kod by byl u všech buněk stejný, lišil by se pak obsah systému nahraného v elektronické části. Takto by to fungovalo než by se jednu našel způsob, jak ten kód jednoduše přepisovat, podle potřeby, během růstu a života rostliny. Anebo dokonce převzít nad rostlinou a jejím vývojem plnou kontrolu (elektronický symbiont?).
Re:
Tomáš Hluska,2021-04-11 12:58:09
Nic proti, ale Vy nemáte moc zkušeností s prací v molekulárně biologické laboratoři, že? Vyrobit vir na míru opravdu není tak jednoduché. Navíc koronaviry dosud nebyly tolik studovány, což byl právě problém na začátku, protože jsme o nich moc nevěděli. Trochu víc se začaly studovat až se SARSem, ale i tak to nebylo až tak žhavé téma, protože SARS (ani MERS) už není mezi námi, že?
Diskuze je otevřená pouze 7dní od zvěřejnění příspěvku nebo na povolení redakce
